अंग्रेजी वेबसाइट Scroll.in ने छह साल पहले अपनी विशेष रिपोर्ट में दावा किया था कि एनआईए शुरू से ही प्रज्ञा ठाकुर के प्रति नरमी बरत रही है।
इंसाफ न्यूज़ ऑनलाइन – स्क्रॉल इंडिया के सौजन्य से
अंग्रेजी वेबसाइट Scroll.in ने 12 जुलाई 2019 को स्मिता नायर और श्रीति सागर यामुनान की एक विशेष रिपोर्ट प्रकाशित की थी, जिसका शीर्षक था, “How NIA went soft on Pragya Thakur and is now delaying the Malegaon trial”। इस रिपोर्ट में दावा किया गया था कि एनआईए ने 2011 में महाराष्ट्र के आतंकवाद निरोधी दस्ते (एटीएस) से इस मामले की जांच की जिम्मेदारी ली, लेकिन अगले चार साल तक इसकी जांच नहीं की। 2015 में जब बीजेपी की सरकार आई, तब जांच शुरू हुई। उस समय ही आशंका जताई जाने लगी थी कि इस मामले को कमजोर कर दिया जाएगा। यही हुआ। मई 2016 में एनआईए ने पूरक चार्जशीट दाखिल करते हुए दावा किया कि प्रज्ञा सिंह ठाकुर और तीन अन्य लोगों के खिलाफ मुकदमा चलाने के लिए कोई ठोस सबूत नहीं हैं। एनआईए कोर्ट ने तीन लोगों को बरी कर दिया, लेकिन प्रज्ञा ठाकुर को बरी करने से इनकार करते हुए कहा कि उनके खिलाफ मुकदमा चलाने के लिए पर्याप्त सबूत मौजूद हैं।

29 सितंबर 2008 को रमजान का आखिरी दिन था। मुंबई से 270 किलोमीटर दूर मुस्लिम बहुल शहर मालेगांव में, भिकू चौक के पास मस्जिदों में नमाज-ए-इशा के लिए लोग जमा थे। रात 9:30 बजे के करीब एक जोरदार धमाका हुआ। 10 साल की बच्ची समेत 6 लोग मारे गए और 100 से ज्यादा लोग घायल हो गए।
इस मामले की जांच की जिम्मेदारी महाराष्ट्र के आतंकवाद निरोधी दस्ते (एटीएस) ने शुरू की। जांच के दौरान पाया गया कि विस्फोटक सामग्री एक मोटरसाइकिल से बंधी थी। यह मोटरसाइकिल प्रज्ञा सिंह ठाकुर की थी, जो मध्य प्रदेश में रहती थीं। प्रज्ञा सिंह ठाकुर भारतीय जनता पार्टी (बीजेपी) के वैचारिक संगठन राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ (आरएसएस) के छात्र विंग की राष्ट्रीय कार्यकारिणी सदस्य रह चुकी थीं।
अक्टूबर 2008 में प्रज्ञा सिंह ठाकुर की गिरफ्तारी के बाद राजनीतिक हंगामा शुरू हो गया। बीजेपी ने कांग्रेस सरकार पर आरोप लगाया कि वह संघ परिवार को बदनाम करने के लिए हिंदुत्व कार्यकर्ताओं को झूठे मामलों में फंसा रही है।
एक दशक बाद, मई 2019 में प्रज्ञा ठाकुर बीजेपी के टिकट पर भोपाल से लोकसभा चुनाव जीतकर भारतीय संसद की सदस्य बनीं। उनकी उम्मीदवारी और जीत की खबर अंतरराष्ट्रीय स्तर पर सुर्खियां बनी। मालेगांव मामले का ट्रायल, जो दिसंबर 2018 में मुंबई में शुरू हुआ, मुश्किल से अखबारों के अंदरूनी पन्नों पर जगह बना सका। कुछ मौकों को छोड़कर, जब कोर्ट में ड्रामे हुए, जैसे कि एक सूंघने वाले कुत्ते की भौंक को रिकॉर्ड करने का मामला। एनआईए को यह साबित करने में काफी मुश्किल हुई कि धमाका वास्तव में हुआ था या नहीं। 124 गवाहों में से 90 से ज्यादा को अभियोजन पक्ष के वकीलों ने केवल यह साबित करने के लिए बुलाया कि विस्फोट वास्तव में हुआ था।
उस समय मशहूर आपराधिक वकील योग चौधरी ने एनआईए के वकील पर आरोप लगाया था कि एक स्पष्ट बात, जिसमें लोग घायल हुए और मारे गए, जो विवाद से परे है, उसके बावजूद धमाके के सबूत के लिए गवाहों को पेश करके समय बर्बाद किया जा रहा है। इस मामले की सरकारी वकील रोहिणी सालियान ने जून 2015 में आरोप लगाया था कि एनआईए के एक अधिकारी ने उनसे कहा था कि वह प्रज्ञा सिंह ठाकुर के प्रति नरम रवैया अपनाएं। एजेंसी ने इस आरोप का खंडन किया।
मई 2016 में एनआईए ने प्रज्ञा ठाकुर को बरी करते हुए एक पूरक जांच रिपोर्ट दाखिल की। जज एस.डी. टाकले ने दिसंबर 2017 में उनकी रिहाई को खारिज करते हुए कहा कि प्रज्ञा सिंह ठाकुर के खिलाफ मुकदमा चलाने के लिए पर्याप्त सबूत हैं।
जब मालेगांव धमाका हुआ, महाराष्ट्र पुलिस का आतंकवाद निरोधी दस्ता (एटीएस) एक दर्जन से ज्यादा आतंकी मामलों को संभाल रहा था। ज्यादातर मामलों में मुस्लिम युवाओं को गिरफ्तार किया गया था। लेकिन इस मामले में एटीएस हैरान रह गया कि कैसे मुस्लिम युवाओं के खिलाफ हिंदुत्व संगठन साजिश रच रहे थे।
धमाके के एक महीने से भी कम समय में, 23 अक्टूबर 2008 को, एटीएस ने तीन लोगों को गिरफ्तार किया, जिनमें से एक प्रज्ञा ठाकुर थीं, जिन्हें सूरत से हिरासत में लिया गया था। जैसे ही टीवी खबरों में भगवा वस्त्र पहने कार्यकर्ता की तस्वीरें सामने आईं, राजनीतिक विवाद शुरू हो गया। “हिंदू आतंकवाद” की तुलना इस्लामी आतंकवाद से होने लगी।
एटीएस ने लेफ्टिनेंट कर्नल से पूछताछ की अनुमति के लिए रक्षा मंत्रालय को पत्र लिखा। 5 नवंबर 2008 को सैन्य खुफिया अधिकारी प्रसाद श्रीकांत पुरोहित को गिरफ्तार किया गया।
जनवरी 2009 में एटीएस द्वारा दाखिल चार्जशीट के अनुसार, पुरोहित ने 2007 में अभिनव भारत नामक संगठन शुरू किया था, जिसका मकसद “आर्य वर्त” या हिंदुओं का देश स्थापित करना था।एटीएस की चार्जशीट में दावा किया गया कि अभिनव भारत के सदस्य भारतीय संविधान में विश्वास नहीं करते थे और हिंदू राष्ट्र की शुरुआत करना चाहते थे।
उनका एक मकसद उन बम धमाकों का बदला लेने के लिए मुस्लिम समुदाय को निशाना बनाना था, जो कथित तौर पर इस्लामी समूहों ने किए थे।चार्जशीट में आरोप लगाया गया कि मालेगांव धमाके के बाद इस समूह ने 2008 में कई बैठकें कीं। प्रज्ञा ठाकुर ने अप्रैल 2008 में भोपाल में हुई एक ऐसी बैठक में हिस्सा लिया था, जहां उन्होंने धमाके को अंजाम देने के लिए स्वयंसेवकों की व्यवस्था करने की पेशकश की थी।
पुरोहित ने मालेगांव धमाके की योजना बनाई, चार्जशीट में कहा गया कि कश्मीर से विस्फोटक सामग्री मंगवाई गई। इसे नासिक में अभिनव भारत के एक अन्य सदस्य के घर पर बम बनाकर जमा किया गया था।चार्जशीट में दावा किया गया कि विस्फोटक सामग्री को एलएमएल फ्रीडम मोटरसाइकिल में दो लोगों ने लगाया था: रामचंद्र कालसांगरा और संदीप डांगे। दोनों कथित तौर पर मोटरसाइकिल की मालिक प्रज्ञा ठाकुर के लिए काम करते थे। एटीएस की चार्जशीट में कहा गया कि यह मोटरसाइकिल बाद में धमाके की जगह से बरामद हुई थी।ठाकुर और पुरोहित के अलावा, एटीएस ने 12 अन्य लोगों पर आरोप लगाए।
इनमें से सात कथित तौर पर अभिनव भारत के सदस्य थे: अजय राहिरकर, पुणे में एक व्यापारी जिसने संगठन को ट्रस्ट के रूप में पंजीकृत किया था; रमेश उपाध्याय, एक रिटायर्ड सैन्य मेजर जिन्होंने पुरोहित के साथ मिलकर काम किया; स्वामी ए.डी. तीर्थ, एक स्व-घोषित हिंदू धार्मिक नेता जिनका असली नाम सधाकर द्विवेदी था; सधाकर चतुर्वेदी, सेना का एक मुखबिर जिसके घर को बम जमा करने के लिए इस्तेमाल किया गया था; राकेश धावड़े, जिन्होंने पुरोहित के साथ अभिनव भारत स्थापित करने की योजना बनाई थी; और समीर कुलकर्णी, जिन्होंने भोपाल में बैठक के लिए हॉल बुक किया था, जिसमें धमाके की योजना बनाई गई थी।
दो अन्य आरोपी रामचंद्र कालसांगरा से जुड़े थे, जो कथित तौर पर मोटरसाइकिल में डिवाइस लगाने में शामिल था: उसका भाई शिव नारायण और उसका दोस्त श्याम साहू। एटीएस ने बजरंग दल के एक सदस्य, प्रवीण टकले, जिन्होंने कथित तौर पर लॉजिस्टिक्स में मदद की, और जगदीश चिंतामन म्हात्रे, जिन्होंने कथित तौर पर हथियार प्रदान किए, के खिलाफ भी आरोप लगाए।सभी आरोपियों को भारतीय दंड संहिता की सात धाराओं के तहत, विस्फोटक सामग्री से संबंधित अधिनियम की चार धाराओं, हथियार अधिनियम की तीन धाराओं, गैरकानूनी गतिविधियों (रोकथाम) अधिनियम की छह धाराओं, जिसके तहत धमाके को आतंकी कार्रवाई घोषित किया गया था, और महाराष्ट्र संगठित अपराध नियंत्रण अधिनियम की पांच धाराओं के तहत आरोपों का सामना करना पड़ा।एटीएस ने दावा किया कि उनके पास एक बैठक की रिकॉर्डिंग के रूप में मजबूत सबूत हैं, जहां अभिनव भारत के एजेंडे पर चर्चा हुई थी, फोन पर बातचीत रिकॉर्ड की गई थी, कॉल डिटेल रिकॉर्ड्स, गवाहों के बयानों के आधार पर उन्हें आरोपी बनाया गया था।एटीएस ने स्वामी ए.डी. तीर्थ से एक लैपटॉप जब्त करने का दावा किया था, जिससे उसने 25 और 26 जनवरी 2008 को फरीदाबाद में हुई बैठक की रिकॉर्डिंग प्राप्त की थी। कथित रिकॉर्डिंग की प्रतियां दिखाती हैं कि समूह ने हिंदू राष्ट्र स्थापित करने के अपने योजनाओं के तहत सरकार बनाने का फैसला किया था।
इसमें उन बम धमाकों का बदला लेने के लिए मुसलमानों और ईसाइयों को निशाना बनाने की जरूरत पर चर्चा हुई, जिनमें हिंदू मारे गए थे।पुरोहित ने कथित तौर पर गर्व के साथ कहा था कि वह अभिनव भारत के विचार को लागू करने के लिए इजरायल में महत्वपूर्ण हस्तियों के संपर्क में है। बैठक में रमेश उपाध्याय, समीर कुलकर्णी, सधाकर द्विवेदी और सधाकर चतुर्वेदी ने भी हिस्सा लिया था।हालांकि प्रज्ञा सिंह ठाकुर फरीदाबाद में हुई बैठक का हिस्सा नहीं थीं, लेकिन वह कथित तौर पर भोपाल में एक समूह की बैठक में शामिल हुई थीं, जो श्री राम मंदिर में 11-12 अप्रैल 2008 को आयोजित हुई थी। फरीदाबाद बैठक के विपरीत, एटीएस इस सभा की कोई रिकॉर्डिंग पेश नहीं कर सका, लेकिन उसने श्री राम मंदिर के बुकिंग रजिस्टर की एक प्रति जमा की, जिसमें एक हॉल का नाम चामे के रूप में दर्ज था। फरीदाबाद बैठक में शामिल अजय राहिरकर की एक डायरी भी बरामद की गई, जिसमें भोपाल में बैठक से कुछ दिन पहले, 3 अप्रैल और 9 अप्रैल को “भोपाल अतिरिक्त” के तहत भुगतानों की सूची थी।इसके अलावा, एटीएस ने दो गवाहों के बयान प्राप्त किए, जिन्होंने उस बैठक में मौजूद होने का दावा किया और पुरोहित को महाराष्ट्र में बढ़ती जिहादी गतिविधियों के बारे में बात करने और मुस्लिम समुदाय के खिलाफ बदला लेने के लिए मालेगांव में धमाके करने का प्रस्ताव सुनने की गवाही दी। उनमें से एक ने दावा किया कि ठाकुर ने जवाब दिया कि वह इसके लिए लोगों की व्यवस्था करने के लिए तैयार है। दूसरे गवाह ने भी ऐसा ही दावा किया। दोनों गवाहों के बयान मुंबई के एक मजिस्ट्रेट ने दर्ज किए थे।एटीएस ने दावा किया कि ठाकुर के खिलाफ और सबूत धमाके की जगह से मिली मोटरसाइकिल के रूप में मिले। जबकि ठाकुर ने दावा किया कि उन्होंने धमाके से बहुत पहले कालसांगरा को मोटरसाइकिल दे दी थी, एटीएस ने उनके कॉल डिटेल रिकॉर्ड का उपयोग करके साबित किया कि वह मालेगांव धमाके से पहले उनके साथ लगातार संपर्क में थीं।
एटीएस ने एक ऐसे व्यक्ति से एक गवाह का बयान भी प्राप्त किया, जिसने दावा किया कि वह 8 अक्टूबर 2008 को उज्जैन में एक बैठक में मौजूद था, जिसमें धमाके में कम हताहतों के लिए ठाकुर ने कालसांगरा की आलोचना की थी।इसके अलावा, एटीएस ने 23 अक्टूबर को पुरोहित और उपाध्याय के बीच फोन पर हुई बातचीत की रिकॉर्डिंग और ट्रांसक्रिप्ट तैयार किए। एक बातचीत में, पुरोहित ने कथित तौर पर कहा कि “बिल्ली थैले से बाहर है”, जबकि दूसरी में उन्होंने कथित तौर पर कहा, “[प्रज्ञा] सिंह ने एक गाना बहुत गाया है।” एटीएस का दावा है कि यह ठाकुर के संदर्भ में था, जिन्हें उसी दिन गिरफ्तार किया गया था।एटीएस ने नासिक में चतुर्वेदी के घर में आरडीएक्स के निशान मिलने का दावा किया, इंदौर में शिवेंद्र कालसांगरा के घर से इलेक्ट्रिक टाइमर जब्त करने का दावा किया, और आरोप लगाया कि श्याम साहू ने कालसांगरा को मोबाइल सिम कार्ड प्रदान किए थे, जो हमले की योजना बनाने के लिए इस्तेमाल किए गए थे। अजय राहिरकर पर अभिनव भारत ट्रस्ट के फंड को धमाके के लिए इस्तेमाल करने की अनुमति देने का आरोप था।एटीएस ने अपनी चार्जशीट दाखिल करने के बाद के वर्षों में सभी आरोपियों ने दावा किया कि ये आरोप गलत हैं। कर्नल पुरोहित ने दावा किया कि वह सैन्य खुफिया अधिकारी के रूप में अपनी नौकरी के तहत दक्षिणपंथी हिंदुत्व समूहों के बारे में जानकारी एकत्र कर रहे थे।
उन्होंने कहा कि उन्होंने अपने वरिष्ठ अधिकारियों को उन सभी अभिनव भारत बैठकों के बारे में सूचित रखा था जिनमें उन्होंने हिस्सा लिया था।राहिरकर ने स्वीकार किया कि वह अभिनव भारत के कोषाध्यक्ष थे, लेकिन किसी बम धमाके की साजिश का हिस्सा होने से इनकार किया। अभिनव भारत के अन्य सदस्यों ने भी ऐसा ही बचाव किया।प्रज्ञा सिंह ठाकुर ने स्वीकार किया कि उन्होंने भोपाल बैठक में हिस्सा लिया था, लेकिन अगर उन्होंने गुस्से में कुछ कहा तो यह साजिश नहीं थी। उन्होंने मोटरसाइकिल की जिम्मेदारी से भी इनकार किया और दावा किया कि उन्होंने इसे धमाके से दो साल पहले कालसांगरा को दे दिया था।
पुलिस रामचंद्र कालसांगरा और डांगे को गिरफ्तार करने में नाकाम रही।एनआईए ने 2011 में जांच की जिम्मेदारी संभाली। मालेगांव मामला उन कई आतंकी हमलों में से एक था, जिनकी पुलिस 2000 के दशक के अंत में विभिन्न राज्यों में जांच कर रही थी। चूंकि इन बम धमाकों में कुछ सामान्य पैटर्न पाए गए थे, इसलिए यूपीए सरकार ने इस धमाके की जांच के लिए नवगठित संघीय एजेंसी, नेशनल इन्वेस्टिगेशन एजेंसी (एनआईए) को जिम्मेदारी सौंपने का फैसला किया।एनआईए ने 1 अप्रैल 2011 को मालेगांव मामले की जिम्मेदारी संभाली, लेकिन बीजेपी ने केंद्र में सत्ता संभालने के बाद अप्रैल 2015 में अपनी जांच शुरू की। 13 मई 2016 को एक प्रेस रिलीज में, एनआईए ने कहा कि जांच में देरी हुई क्योंकि आरोपियों ने उच्च न्यायालयों में याचिकाएं दायर कर रखी थीं और अप्रैल 2015 में ही सुप्रीम कोर्ट ने उन पर फैसला सुनाया था। उसी महीने इसने एक पूरक जांच रिपोर्ट दायर की।
यह रिपोर्ट विस्फोटक थी – इसने एटीएस की जांच को पलट दिया और ठाकुर को बरी कर दिया।एनआईए ने यह भी कहा कि आरोपी पर मकोका (महाराष्ट्र संगठित अपराध नियंत्रण अधिनियम) के आरोप लागू नहीं हो सकते क्योंकि इस बात का कोई सबूत नहीं है कि अभिनव भारत एक अपराध सिंडिकेट है। इसने श्याम साहू, शिव नारायण कालसांगरा और प्रवीण टकले को भी बरी कर दिया। साहू के मामले में, एनआईए ने पाया कि एक मोबाइल स्टोर के मालिक के रूप में, उन्होंने वास्तव में रामचंद्र कालसांगरा के लिए सिम कार्ड की व्यवस्था की थी, लेकिन आवश्यक दस्तावेज जमा करने के बाद ही सिम कार्ड प्रदान किया था। जहां तक शिव नारायण कालसांगरा के घर से इलेक्ट्रिक टाइमर की जब्ती का सवाल है, इसने मध्य प्रदेश के दो पुलिस अधिकारियों के बयान दर्ज किए, जिन्हें एटीएस ने जब्ती के गवाह के रूप में पेश किया था। लेकिन एनआईए ने कहा कि उन्हें वह अधिकारी नहीं मिला।
इसने यह भी पाया कि प्रवीण टकले के खिलाफ सबूत इस तथ्य से ज्यादा कुछ साबित नहीं करते कि वह अभिनव भारत का एक वेतनभोगी कर्मचारी था, जिसने साजिश के बारे में कुछ जाने बिना लॉजिस्टिक्स में मदद की थी।ट्रायल कोर्ट ने एनआईए की याचिकाओं को बरकरार रखा और तीनों व्यक्तियों को बरी कर दिया। लेकिन इसने ठाकुर को बरी नहीं किया – हालांकि एनआईए ने कहा कि उनके साजिश में हिस्सा लेने का कोई सबूत नहीं है।
एनआईए ने ठाकुर की बरी होने की आधार उन दो गवाहों के ताजा बयानों पर रखी थी, जिन्होंने भोपाल बैठक में ठाकुर की मौजूदगी की गवाही दी थी, जहां उन्होंने कथित तौर पर धमाके को अंजाम देने के लिए लोगों की व्यवस्था करने की पेशकश की थी। उनकी गवाही एटीएस ने मुंबई में एक मजिस्ट्रेट के सामने दर्ज की थी। लेकिन, सात साल बाद, एनआईए ने दिल्ली के एक मजिस्ट्रेट के सामने इन दोनों व्यक्तियों के ताजा बयान दर्ज किए। उनमें से एक ने बैठक में मौजूद होने से साफ इनकार कर दिया। दूसरे, जो पेशे से डॉक्टर हैं, ने पुरोहित को मालेगांव धमाके का प्रस्ताव और ठाकुर की लोगों को अंजाम देने की पेशकश सुनने से इनकार कर दिया।लेकिन जज ने बताया कि इस गवाह ने अपना पूरा बयान वापस नहीं लिया है – उसने फिर भी यह बनाए रखा कि ठाकुर भोपाल की बैठक में मौजूद थीं, जहां महाराष्ट्र में बढ़ती जिहादी गतिविधियों पर चर्चा हुई थी, और पुरोहित ने कथित तौर पर औरंगाबाद और मालेगांव में अभिनव भारत की मौजूदगी बढ़ाकर इसे रोकने की जरूरत जताई थी।
जज ने कहा कि एक डॉक्टर के रूप में, यह गवाह एक “अच्छा पढ़ा-लिखा व्यक्ति” था, और उसने एटीएस पर धमकी के तहत बयान निकालने का आरोप नहीं लगाया था।इस गवाह के बयान के अलावा, जज ने उन दस्तावेजों पर भरोसा किया जो इस तथ्य की पुष्टि करते हैं कि अभिनव भारत की बैठक भोपाल में हुई थी, और ठाकुर के उस बयान पर, जिसमें उन्होंने स्वीकार किया था कि वह उस बैठक में मौजूद थीं, साथ ही यह कि मोटरसाइकिल उनकी थी। उन्होंने कॉल डिटेल रिकॉर्ड्स पर भी भरोसा किया, जो दिखाते हैं कि धमाके से पहले ठाकुर अभिनव भारत के सदस्यों के साथ संपर्क में थीं –
उन्होंने सधाकर चतुर्वेदी से फोन पर 20 बार बात की, धमाके से दस दिन पहले 19 सितंबर तक। कॉल रिकॉर्ड्स यह भी दिखाते हैं कि वह कालसांगरा के साथ लगातार संपर्क में थीं, जिसके पास मोटरसाइकिल थी, जिसे फोरेंसिक विशेषज्ञों ने विस्फोटक सामग्री के वाहक के रूप में पहचाना था। इसके साथ, जज ने निष्कर्ष निकाला कि ठाकुर के खिलाफ मामले में मुकदमा चलाने के लिए पर्याप्त परिस्थितिजन्य सबूत हैं।
एनआईए की जांच में विरोधाभास
ठाकुर के खिलाफ सबूतों को नजरअंदाज करने और उन्हें बरी करने का एनआईए का फैसला सवालों के घेरे में आ गया और दावा किया जाने लगा कि यह सब बीजेपी के दबाव में किया जा रहा है। उदाहरण के लिए, पुरोहित के वकील ने बताया कि एनआईए अधिकारी ने उनके मुवक्किल के खिलाफ कोर्ट मार्शल की कार्यवाही के दौरान प्रस्तुत दस्तावेज एकत्र किए थे, जो दिखाते हैं कि उन्होंने अपने वरिष्ठ अधिकारियों को अभिनव भारत की बैठकों के बारे में सूचित रखा था। इन दस्तावेजों को एकत्र करने के बावजूद, एनआईए अधिकारी ने उन्हें अदालत के सामने पेश नहीं करने का फैसला किया था। जज ने कहा कि पुरोहित को मुकदमे की सुनवाई के दौरान इन दस्तावेजों को मांगने का अवसर मिलेगा।
गवाहों के बयानों को दर्ज करने में एनआईए की तत्परता भी आश्चर्यजनक थी, जिन्होंने एटीएस को दिए गए बयानों को वापस ले लिया था, लेकिन उसने उन गवाहों से बात करने के लिए ऐसी तत्परता नहीं दिखाई थी जो एटीएस के मामले को मजबूत कर सकते थे।
उदाहरण के लिए, एनआईए ने सेना के दो गवाहों के बयान दर्ज किए, जिन्होंने आरोप लगाया कि चतुर्वेदी के घर में एक सहायक पुलिस निरीक्षक ने आरडीएक्स लगाया था। लेकिन, जैसा कि जज ने बताया, एनआईए ने सहायक पुलिस निरीक्षक का बयान दर्ज करने की जहमत नहीं उठाई। जज ने इस तथ्य का भी उल्लेख किया कि एटीएस ने तीन बार सैन्य अधिकारी का बयान दर्ज किया था और किसी भी मामले में उसने यह दावा नहीं किया था कि सहायक पुलिस निरीक्षक ने बम लगाए थे।
एनआईए की रिपोर्ट ने न केवल एटीएस के कई दावों का खंडन किया बल्कि उसने एटीएस पर हिंसा और धमकियों का उपयोग करके गवाहों से बयान लेने का आरोप भी लगाया। बचाव पक्ष के वकीलों ने तर्क दिया कि एनआईए की रिपोर्ट ने एटीएस की जांच को पूरी तरह से बदनाम कर दिया है।
लेकिन जज ने सुप्रीम कोर्ट के एक फैसले का हवाला दिया, जिसमें कहा गया था कि “यदि रिकॉर्ड पर एक ही जांच एजेंसी या विभिन्न जांच एजेंसियों द्वारा कई जांच रिपोर्ट मौजूद हैं, तो सभी रिपोर्टों को एक साथ पढ़ना जरूरी है।” उन्होंने यह रुख अपनाया कि “एनआईए द्वारा दायर जांच रिपोर्ट ने एटीएस द्वारा की गई प्रारंभिक जांच को प्रत्यक्ष या परोक्ष रूप से समाप्त नहीं किया है।” उनके अनुसार, उनका मानना था कि ठाकुर के खिलाफ मुकदमा चलाने के लिए पर्याप्त सबूत मौजूद हैं, हालांकि एनआईए ने उन्हें बरी कर दिया था।
ऐसे में मूल सवाल यह है कि जिस मामले में जांच एजेंसी ने पहले ही आरोपी को बरी कर दिया है, लेकिन वह अदालत के आदेश पर उनके खिलाफ जांच और मुकदमा चला रही है, तो क्या अब वह उस आरोपी के खिलाफ ठोस सबूत प्रदान करने के लिए मेहनत करेगी? दूसरा सवाल यह है कि जब सरकारी वकील ने आरोप लगाया था कि एनआईए के एक अधिकारी ने प्रज्ञा सिंह ठाकुर के प्रति नरम रवैया अपनाने का दबाव बनाया था, तो क्या इस आरोप की जांच की गई? एनआईए ने एटीएस पर हिंसा के जरिए गवाहों और आरोपियों दोनों से बयान लेने का आरोप लगाते हुए बयान भी पेश किए थे, जो मूल रूप से उन बयानों की ताकत को प्रभावित करता है, जिनकी सुनवाई के दौरान जांच की जाएगी।